As configurações de idioma de entrada são por aplicativo. Um aplicativo que chama uma API do Windows para alterar a localidade de entrada , pode definir um layout de teclado diferente, se estiver habilitado para o usuário.
Às vezes, também acontece se você acidentalmente pressionar as teclas ALT e LEFT-SHIFT juntas. Se você não quiser ter esse comportamento, poderá "desinstalar" todos os idiomas / culturas de entrada dos quais não precisa no Painel de Controle:
Regional and Language Options > Text Services and Input Languages
EDITAR: ou apenas marcar "Desativar os serviços de texto avançados" .