Claro, chama-se zip(1) - quem teria pensado?
Isso adiciona o arquivo file ao arquivo file.zip :
zip file.zip file
Claro, para adicionar mais arquivos, basta adicioná-los como argumentos ao comando. Confira man zip para mais opções.
Frequentemente, você vai querer ignorar a inclusão desses arquivos .DS_Store , por exemplo, compactando a pasta inteira folder em folder.zip :
zip -vr folder.zip folder/ -x "*.DS_Store"