Você pode usar o PDF Toolkit PDFtk :
Exemplo:
pdftk A=inA.pdf B=inB.pdf cat A1-12 B3 A14-end output out1.pdf
A saída consiste nas primeiras 12 páginas de inA.pdf
, seguidas pela página 3 de inB.pdf
e depois nas páginas 14 até o final de inA.pdf
.
Muitas distribuições do Linux fornecem um pacote PDFtk que você pode baixar e instalar usando o gerenciador de pacotes.