Uma pesquisa do Google sobre "Hierarquia do sistema de arquivos Linux" exibirá vários documentos, incluindo este .
Onde você coloca seu script depende de quem é o usuário pretendido. Se for apenas você, coloque-o em ~/bin e verifique se ~/bin está no seu PATH . Se algum usuário no sistema conseguir executar o script, coloque-o em /usr/local/bin .
Não coloque scripts escritos por você mesmo em /bin ou /usr/bin . Esses diretórios são destinados a programas gerenciados pelo sistema operacional.