Geralmente pacotes msi são fornecidos para administradores de sistema que teriam a necessidade de implantar o software em vários terminais em uma rede.
Os resultados não são diferentes de usar um executável, mas os pacotes msi às vezes têm opções adicionais, como fazer instalações silenciosas ou pré-configuradas.
Se você não é um administrador do sistema, use o executável.