Tanto quanto eu entendo, o Windows não vem com nada que permita definir seu próprio sistema de arquivos sem adicionar algum código ao kernel (ou seja, um driver). Então você precisaria de direitos de administrador.
Em 2010, as Perguntas frequentes sobre FUSE mencionam algumas alternativas em potencial, mas elas tudo parecia vaporware exceto para Dokan. Dokan foi abandonado, mas alguns garfos vivem: Dokanx , Dokany e mais e pelo menos dois .NET ligações . Dokany tem um componente SSHFS .