Talvez a opção --apparent-size
para du
faça o que você quer depois:
--apparent-size
print apparent sizes, rather than disk usage; although the
apparent size is usually smaller, it may be larger due to holes
in ('sparse') files, internal fragmentation, indirect blocks,
and the like
Isso deve remover a dependência dos tamanhos dos blocos do sistema de arquivos ou de outros metadados.