A documentação do módulo do site e Modificando o caminho de pesquisa do Python parece ser o que você está procurando.
Tanto quanto eu entendo, essas entradas estão sendo adicionadas ao sys.path
por:
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/usr/lib/python2.6/site.py
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/usr/lib/python2.6/dist-packages/site.py
(Altere 2.6 para sua versão do Python.)
A maneira mais fácil de alterá-lo é adicionar um arquivo /usr/local/lib/python2.6/dist-packages/site-packages.pth
contendo ../site-packages
.
Alternativamente, talvez você possa ensinar o pacote a usar site.getsitepackages()