A maioria dos sistemas de arquivos Linux evita a fragmentação *, portanto, você não precisa desfragmentar o Ubuntu em circunstâncias normais.
* Isso é feito na maneira como os arquivos são gravados no disco. Principalmente os arquivos são escritos de tal maneira que eles permanecem contíguos, com alguns sistemas de arquivos organizando os inodes para evitar a fragmentação e, quando ocorrem, para mantê-los no mínimo. Mesmo quando os arquivos são muito modificados, movidos, etc., o sistema de arquivos usa os mesmos princípios para evitar a fragmentação.
Veja aqui: link