Talvez houvesse problemas de desempenho em versões mais antigas, mas o subversion é ótimo quando se trata de arquivos binários. Eu acredito que só armazena deltas, então você deve estar bem com a restrição de tamanho. Tenha em mente que isso também depende dos formatos usados. Se for compactado, fazer uma modificação pode afetar mais o arquivo, criando uma diferença maior. Os diffs binários não são tão ótimos quanto os diffs baseados em texto, mas ainda assim são muito úteis.
O Subversion até mesmo afirma que seu algoritmo de diff funciona igualmente bem em arquivos de texto e binários:
Note that whether or not a file is binary does not affect the amount of repository space used to store changes to that file, nor does it affect the amount of traffic between client and server. For storage and transmission purposes, Subversion uses a diffing method that works equally well on binary and text files