Cada módulo DDR possui um chip especial chamado SPD . Este chip contém informações sobre os modos suportados (frequência e latências com que este módulo deve trabalhar).
O controlador de memória localizado em CPUs modernas lê essas informações e escolhe o melhor modo, suportado por todos os módulos instalados. Embora funcione com todos os módulos simultaneamente, ele não pode usar diferentes freq ou latência para diferentes módulos.
Esse comportamento pode ser alterado pelo programa de instalação (as pessoas chamam de "configuração da bios" às vezes). Os overclockers definem frequência e latência manualmente, sobrescrevendo valores do SPD, mas o sistema pode ficar instável.
No seu caso, o controlador de memória lerá todos os SPDs e escolherá a frequência mais lenta. Vai funcionar. Você pode tentar configurar a frequência grande manualmente, mas você pode enfrentar BSOD ou mesmo PC não inicializável e precisará redefinir as configurações de memória.
Depois de instalar a DRAM, use a ferramenta CPU-Z
(é gratuito, google para ela) para ler as frequências, latências e outros valores definidos pelo seu controlador. Também pode mostrar valores de SPD.