O Notepad ++ usa o Generic Updater para o win32 (é gratuito).
O atualizador está localizado aqui: C:\Program Files (x86)\Notepad++\updater
Supondo que você tenha usado o caminho de instalação padrão e executando janelas de 64 bits e o notepad ++ de 32 bits. Se não olhar tente aqui também: C:\Program Files\Notepad++\updater\
O que você precisa fazer é iniciar a linha de comando (por exemplo, Start- > run- > cmd ou Start- > (pesquisar programas e arquivos) - > comando) como administrador e executar as seguintes linhas:
1. cd /d C:\Program Files (x86)\Notepad++\updater
2. gup -options
Isso exibirá a caixa de diálogo Configurações de proxy, na qual você pode inserir seu endereço de proxy.