Considerando que a própria unidade contém um ímã que eu esperaria ser muito mais strong do que estes, eu duvidaria que houvesse qualquer problema deles entrarem em contato. É em grande parte um mito de que os discos rígidos são facilmente apagados por um ímã (VHS, fitas e disquetes são muito mais propensos a). Na verdade, foi feito um teste aqui envolvendo imensos ímanes de neodímio, muito mais poderosos do que a maioria ímãs que você terá, que causaram perda zero de dados (mais uma chance de danificar mecanicamente a unidade devido ao poder deles se estivessem mais próximos das cabeças de leitura).
Eu não diria que é impossível que algum tipo de dano ocorra, mas é muito improvável. Não se preocupe muito com isso, mas mantenha-os separados, se puder.