Como outros já apontaram, é seguro ler o disco de origem ou usar o disco de destino fora do diretório de destino, enquanto o rsync está em execução. Também é seguro ler dentro do diretório de destino, especialmente se o diretório de destino estiver sendo preenchido exclusivamente pela execução do rsync.
O que não é geralmente seguro é escrever dentro do diretório de origem enquanto o rsync está rodando. "Escreve" é qualquer coisa que modifique o conteúdo do diretório de origem ou qualquer subdiretório dele, então inclui atualizações de arquivos, exclusões, criação, etc.
Ao fazer isso, não quebrará nada, mas a mudança pode ou não ser levantada pelo rsync para copiar para o local de destino. Isso depende do tipo de alteração, se o rsync verificou esse diretório específico ainda e se o rsync copiou o arquivo ou diretório em questão ainda.
No entanto, há uma maneira fácil de resolver isso: Quando terminar, execute o rsync novamente, com os mesmos parâmetros. (A menos que você tenha algum parâmetro de exclusão; se fizer isso, seja um pouco mais cuidado.) Isso fará com que ele verifique novamente a origem e transfira as diferenças que não foram coletadas durante a execução original.
A segunda execução deve transferir somente as diferenças que aconteceram durante a execução anterior do rsync e, como tal, serão concluídas muito mais rapidamente. Assim, você pode sentir-se livre para usar o computador normalmente durante a primeira execução, mas deve evitar, tanto quanto possível, fazer quaisquer alterações na fonte durante a segunda execução. Se puder, considere Remontando o sistema de arquivos de origem somente leitura antes de iniciar a segunda execução de rsync. (Algo como mount -o ro,remount /media/source
deve fazer.)