Você tem em seu diretório home uma configuração megasync .local/share/data/Mega Limited
. As configurações no seu diretório pessoal não são excluídas simplesmente pela desinstalação de um pacote.
Remover esta pasta com
rm -rf "/home/<your_username>/.local/share/data/Mega Limited"
Para o futuro use purge
em vez de remove
quando quiser que os arquivos de configuração também sejam removidos.