"fácil" será uma função sua, provavelmente.
Eu provavelmente escreveria um script que usasse o utilitário de linha de comando "find" para encontrar arquivos simbolicamente vinculados e, em seguida, chamaria rm e cp para remover e substituir o arquivo. Você provavelmente faria bem em também ter a ação chamada por find verifique se ainda há espaço livre suficiente antes de mover o link sym também.
Outra solução pode ser montar o sistema de arquivos em questão através de algo que esconda os links sym (como o samba), então copie tudo disso. Mas em muitos casos, algo assim introduziria outros problemas.
Uma resposta mais direta à sua pergunta provavelmente é "sim".
Editar: conforme o pedido de informações mais específicas. De acordo com a página man do find , este comando listará todos os arquivos de link sym em uma profundidade de 2 diretórios, de /:
find / -maxdepth 2 -type l -print
( isso foi encontrado aqui )
Para obter informações sobre como executar algo ao encontrá-lo:
find / -maxdepth 2 -type l -exec ./ReplaceSymLink.sh {} \;
Acredito que vou chamar um script que acabei de inventar e passar o nome do arquivo que você acabou de encontrar. Alternativamente, você pode capturar a saída find para o arquivo (use "find [blah] > symlinks.data", etc) e então passar esse arquivo para um script que você tenha escrito para manipular a cópia sobre o original normalmente.