Se você estiver usando um cliente ftp de linha de comando padrão, o comando MPUT permitirá que você transfira todos os arquivos correspondentes a um padrão (estilo shell glob), portanto MPUT * enviará todos os arquivos no diretório atual . Também há MGET para recuperar arquivos que correspondem a um padrão.
Por padrão, MPUT e MGET solicitarão a transferência de cada arquivo antes de fazer isso. Você provavelmente deseja desativar o prompt com o comando "PROMPT" (sem argumento; é uma alternância).