Estou migrando para uma configuração de três monitores. Basicamente, desde que a placa gráfica funcione, você pode usá-la. Estou recebendo 2 placas Nvidia 8600 PCI-e e não estou usando SLI (placa-mãe não suporta), no entanto SLI não é necessário.
Quase todos os sistemas operacionais que eu conheço suportam vários monitores, desde que o cartão gfx esteja habilitado, então você pode usá-lo.
Quanto às portas VGA incorporadas, não há motivo que não funcione, embora eu ache que a maioria dos BIOSs desativa a tela on-board se eles detectarem que você tem um cartão gfx, então você pode ter que mudar o Configuração do BIOS para que o VGA onboard seja inicializado.
Editar: Como Will aponta, o Vista é um pouco exigente quando se trata de vários cartões, todas as placas precisam usar o mesmo driver, então você não poderá usar onboard e outro cartão gfx no Vista.