Gerenciamento de disco e DISKPART não permitem excluir partições em mídia removível. Mas você pode usar o comando clean
do DISKPART para fazer o nuke e começar de novo. Aqui está uma série de comandos que funcionaram para mim:
DISKPART> list disk
Disk ### Status Size Free Dyn Gpt
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Disk 0 Online 40 GB 0 B
Disk 1 Online 7538 MB 0 B
DISKPART> select disk 1
Disk 1 is now the selected disk.
DISKPART> list part
Partition ### Type Size Offset
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Partition 1 Primary 500 MB 1024 KB
DISKPART> clean
DiskPart succeeded in cleaning the disk.
DISKPART> create part primary size=500
DiskPart succeeded in creating the specified partition.
DISKPART> active
DiskPart marked the current partition as active.
DISKPART> format fs=fat quick
100 percent completed
DiskPart successfully formatted the volume.
DISKPART> assign
DiskPart successfully assigned the drive letter or mount point.
Isso cria uma partição FAT de 500 MB como a única no disco. list part
é usado apenas para verificar se eu selecionei o disco correto (e o tamanho mostrado foi de uma tentativa anterior; o seu dirá algo mais próximo do tamanho total).