Você não pode excluir os nós raiz. Eles não existem fisicamente. Você pode, no entanto, excluir seu conteúdo, via Regedit (em oposição a reg ).
O Regedit trava assim que eu tento excluir HKLM\SYSTEM . Depois de redefinir a VM (porque sou preguiçoso), recebo a seguinte tela (o SO é o Windows XP):

("O Windows não pôde iniciar porque o seguinte arquivo está ausente ou corrompido: \ WINXP \ system32 \ config \ SYSTEM")
Então, sim, apagar coisas do registro irá matar positivamente o Windows . E a menos que você tenha um backup, restaurá-lo é impossível.