O problema descrito na pergunta acontece quando um documento vazio / novo é definido como "ANSI" e Unicode os caracteres são colados nele.
Não há detecção automática quando usado com um documento vazio / novo, pelo menos não na versão do Notepad ++ que eu testei. "ANSI" é o padrão no Notepad ++ para um novo documento, a menos que seja definido no menu Configurações - > Preferências - > aba Novo Documento / Abrir Salvar Diretório .
Solução
A solução é definir a codificação para UTF-8 antes de colar, menu Formato - > Codificar em UTF-8 :
Exemplo
Copiei algum texto para um novo documento do Notepad ++, russo (русский язык, russkiy yazyk) , do Firefox mostrando a página da Wikipedia Língua russa .
Se a codificação for não alterada de "ANSI", este é o resultado:
Se a codificação for alterada, este é o resultado:
Como pode ser visto na figura abaixo (a parte Cyrillic é realçada), o Notepad ++ converte o Unicode caracteres em ASCII 63 (hex 3F), pontos de interrogação. É por isso que os caracteres Unicode são perdidos (no modo "ANSI" ) ao copiar o texto pela área de transferência (não é um problema de fonte - as informações são perdidas).
Testado em: Notepad ++ v5.4.5 (UNICODE).