O novo Apple File System (APFS, assim chamado porque já existia um AFS que era outra coisa) faz essa mágica "auto hardlinking" / "desduplicação". O macOS 10.13 suporta nativamente (na maioria dos Macs) como o iOS 11.
Dito isto, não sinto que seja suficiente para torná-lo "git like", já que se fosse "git like" então também teria uma verificação criptográfica do estado da minha estrutura de diretórios em determinados pontos tempo para que eu pudesse ter certeza de que ninguém havia hackeado meu computador ou modificado meus diretórios de sistema. Na verdade, eu uso git repos para rastrear certos diretórios críticos do sistema em meus Macs, como arquivos de configuração Apache, LaunchDaemons, LaunchAgents e alguns outros - assim, quando eu instalo software ou executo meu servidor por um tempo, posso ver se algo se ferrou.
O APFS também tem suporte bacana para descarregar coisas do sistema de arquivos para a nuvem quando elas não são usadas há algum tempo, mas elas ainda parecem estar lá, e vão voltar da nuvem sob demanda.
Você sempre pode construir um Hackintosh e brincar com ele. BSD é divertido.