Existem alguns métodos para fazer isso.
1) Use cada unidade como um nó separado no array RAID-5. Apenas 500 GB são usados em todos os discos, o outro espaço é desperdiçado. Esta é tipicamente a única opção em um controlador RAID de hardware.
2) Use um sistema RAID de software combinado com um sistema de volume lógico como o Linux LVM. Usando o LVM, você pode criar uma unidade virtual de 1 TB combinando duas unidades de 500 GB. Esta unidade virtual pode servir como uma única unidade na sua matriz RAID-5. Quando uma dessas unidades falha, todo o disco virtual é considerado defeituoso. Então, por favor, note que você precisará de 3 discos virtuais do mesmo tamanho.
3) Use um sistema RAID que permita armazenamento redundante em volumes não iguais. O ZFS é um bom exemplo disso.