Usando o Powershell, salve o seguinte em um arquivo de script (por exemplo, hidedotfiles.ps1) e execute-o sempre que desejar ocultar arquivos de ponto.
É claro que o seguinte one-liner pode ser simplificado usando aliases e "-f for" -force "e" -r "para" -recurse ", mas para ser instrutivo, eu o escrevi de forma completa:
Get-ChildItem "C:\" -recurse -force | Where-Object {$_.name -like ".*" -and $_.attributes -match 'Hidden' -eq $false} | Set-ItemProperty -name Attributes -value ([System.IO.FileAttributes]::Hidden)
Basicamente, Get-ChildItem -recurse -force obtém todos os itens e procura recursalmente em todas as pastas, forçando a exibição de itens ocultos. Em seguida, procuramos arquivos e pastas que começam com o ponto e selecionamos apenas os arquivos que possuem um atributo oculto. Depois de listarmos todos os arquivos, definimos seus atributos como ocultos usando Set-ItemProperty.