O problema parece ser que você está gravando de uma webcam e enquanto a webcam pode ser a mesma, o dispositivo de som do qual você está gravando não é. Então você acaba com resultados diferentes.
A primeira coisa a fazer é testar se é possível gravar o som, use o som gravado para testar isso e certifique-se de ajustar as configurações em Sistema > Preferências > Som
Quando souber que a entrada de som funciona, basta usar o padsp na frente do comando acima, por exemplo:
padsp mencoder tv:// -tv driver=v4l2:width=640:height=480:device=/dev/video0:forceaudio:adevice=/dev/dsp1 ...
Este comando faz um acesso / dev / dsp para o seu comando em tempo real e canaliza o som via pulseaudio. Veja detalhes aqui:
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