Este passo pode demorar muito tempo. E devido à maneira como os registros de data e hora do arquivo são manipulados, ele pode, por exemplo, acontecer nos interruptores do horário de verão.
Para verificar o que exatamente está acontecendo lá, você deve usar um monitor de acesso a arquivos como o Process Monitor - link .
Isso pode dizer se o GIMP está lendo um arquivo de fonte para construir o cache de fontes e também fornecerá algum tipo de informação de progresso, porque os arquivos de fonte serão acessados principalmente em ordem alfabética (ou reversa).
A janela que não responde é um sintoma disso, apenas ignore-a.