Depende de como o programa está detectando que já está instalado.
Os programas exibidos na lista Programas e Recursos são gerados a partir das chaves do Registro em:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall
O programa pode estar procurando em outro lugar no registro, ou procurando por um arquivo no disco, para determinar se ele já está instalado.
Você pode usar o Process Monitor (ProcMon) da Sysinternals para ver quais arquivos e chaves de registro ele está cutucando quando se recusa a cooperar com você.