Para detalhar a resposta de Sathya um pouco: na maioria dos sistemas, as mesmas pistas PCIe são usadas tanto para o IGP quanto para o slot PCIe-x16 da placa de vídeo. Então, o slot pode ser usado ou o IGP. Isso significa que você não pode colocar dispositivos de placa que não sejam de vídeo (por exemplo, controladores RAID) no slot x16 sem perder o acesso ao IGP - você ainda precisaria instalar uma placa de vídeo em um slot diferente!
Edição tardia: Parece que nos sistemas Sandy Bridge com chipsets H67 (e provavelmente Z68, quando eles são lançados), é possível executar a GPU onboard e uma placa gráfica ao mesmo tempo. Outros chipsets de 6-séries (e posteriores) podem funcionar enquanto o CPU & O MB Chipset suporta a Flexible Display Interface da Intel, um padrão baseado em DisplayPort que dá à GPU integrada uma conexão direta os conectores de vídeo onboard.