Eu mesmo pensei nessa questão. Eu acho que se o web-clipping for uma prioridade para você, então você está melhor com o Evernote ou o Onenote. Orgmode não vai te fazer muito bem em termos de conteúdo rico. No entanto, minhas prioridades são diferentes; Eu quero que meus arquivos estejam em texto simples, então não estou amarrado ao aplicativo evernote e não uso muito conteúdo rico em minhas anotações.
Minha configuração atual é sincronizada pelo orgmode com o Simplenote. Eu usaria o dropbox se meu trabalho permitisse, mas não. Simplenote é um aplicativo leve e leve que pode funcionar para você, se você não precisa de fotos. O Org-mode permite uma ligação de arquivos bastante fácil se você precisar vincular a uma mídia externa. Se você criou uma hierarquia dentro de uma pasta dropbox junto com seus orgfiles, você pode criar rapidamente os links.
Acho que o criador da organização apresentou um caso de uso central como um aplicativo de anotações que permitia a filtragem de itens de tarefas. Por exemplo, se você estiver em uma reunião e fizer um monte de anotações, mas também anotar vários itens de ação, poderá voltar e filtrar todos os itens de ação em uma única lista. Você também pode configurá-lo para que os itens de ação sejam marcados.
A organização também permite exportar para o latex ou html para publicação; Não sei se os arquivos referenciados aparecem no documento publicado.
Uma funcionalidade que o evernote ganha, e o que me faz voltar, é a sua função de pesquisa. Eu ainda sou um novato no emacs, então tenho certeza que há uma maneira de pesquisar minhas anotações, mas a função de pesquisa do Evernotes é muito fácil de usar.