O problema é que o Prompt de Comando (cmd) não pode terminar - ele está preso lá na tela esperando o término do Photoshop.
Para iniciar o Photoshop em um arquivo bat e deixar o arquivo de lote continuar e terminar, use o comando de início , que inicia um programa ou comando especificado em uma janela separada .
Por exemplo:
start "" "C:\Program Files\Adobe\Adobe Photoshop CS4\Photoshop.exe"