Tente:
- Arista Transcoder (Parece ser especialmente para dispositivos como ipods / telefones, etc.)
- WinFF (GUI para o FFMPEG)
- OggConvert (converte para formatos livres)
Tudo isso pode ser encontrado no Ubuntu Software Center.
EDIT: Arista é provavelmente o melhor deles, pois tem uma predefinição para o ipad.