Listar diretórios deve funcionar; por exemplo, aqui está o que eu usei em um script (assumindo o diff do gnu),
diff -r \
--exclude="*~" \
--exclude=".svn" \
--exclude=".git" \
--exclude="*.zip*" \
--exclude="*.gz" \
--exclude="*.tar" \
...etc
... que ignora o conteúdo de .svn e .git dirs, mas também arquivos individuais chamados *.zip / *.gz / etc.
Editar: para filtrar caminhos do formulário dir_a/file1 , mas ainda diff arquivos com o mesmo nome de base, como dir_b/file1 ou dir_a/b/file1 , uma lista de arquivos a serem diff teria que ser gerado (por exemplo, usando find ) e o arquivo a ser comparado derivado desses caminhos; por exemplo, dado
$ find ONE TWO -type f -print
ONE/a/1.txt
ONE/a/2.txt
ONE/a/b/2.txt
TWO/a/1.txt
TWO/a/2.txt
TWO/a/b/2.txt
você gera a lista de arquivos para comparar, excluindo, por exemplo, */a/2.txt , mas ainda comparando outros arquivos denominados 2.txt . Apenas "encontre" todos os arquivos, exceto ONE/a/2.txt (um regexp também pode ser usado aqui, como .*/a/2.txt )
$ find ONE -type f \( ! -regex 'ONE/a/2.txt' \) \
-exec bash -c 'diff -q "${1}" "${2/ONE/TWO}"' - {} {} \;
que, de fato, ignora ONE/a/2.txt (e TWO/a/2.txt ), mas ainda compara os outros arquivos chamados 2.txt :
diff -q ONE/a/1.txt TWO/a/1.txt
diff -q ONE/a/b/2.txt TWO/a/b/2.txt
Editar: Ou, mais divertido com find (diversão adicional deixada como um exercício para o leitor), selecione os arquivos ou diretórios para excluir e, em seguida, diff todo o resto:
$ find ONE \( -regex 'ONE/a/2.txt' -o -name b -prune \) \
-o -type f -exec bash -c 'echo diff -q "${1}" "${2/ONE/TWO}"' - {} {} \
O exemplo acima exclui o arquivo específico "{top} /a/2.txt", qualquer diretório chamado "b", e todo o resto é diferenciado. (Em vez de simples " -name b " você também pode usar " -regex '.*/b' " - note, no trailing "/".)