Em casos de infecção por malware, a melhor maneira de eliminá-lo é:
- Backup de tudo
- Remover tudo e fazer uma instalação limpa (como em manter nada)
- Altere todas as senhas e chaves ssh.
- Verifique os arquivos que você precisa do seu backup, um por um.
O processo é doloroso, mas é 100% eficaz.
Instale o servidor Ubuntu 12.04 desde que você está reinstalando. :)
UPDATE: