Seu script provavelmente está removendo o diretório, e não apenas os arquivos que estão lá. Então, quando você tem cd e o diretório é removido, você faz ls em um diretório que na verdade não existe.
Por cd .. e cd (directory) você sobe e volta para o diretório (recém-criado), e os arquivos estão lá como você espera.
A melhor alternativa é, em vez de cd ing dentro e fora do diretório, é adicionar o nome do diretório ao seu comando ls e executá-lo a partir do diretório pai. Então, ls YourSubdirectory em vez de apenas ls .