Para converter sequências de mais de um espaço em uma guia, mas deixe espaços individuais sozinhos :
sed 's/ \+ /\t/g' inputfile > outputfile
Para fazer isso com vários arquivos:
for inputfile in *
do
sed 's/ \+ /\t/g' "$inputfile" > tmpfile && mv tmpfile "$inputfile"
done
ou
for inputfile in *
do
sed -i .bak 's/ \+ /\t/g' "$inputfile"
done
ou
find . -type f -exec sed -i .bak 's/ \+ /\t/g' {} \;