Pelo menos para documentos criados diretamente no Inkscape, Arquivo > Exportar Bitmap ... funciona conforme o esperado. Se o documento tiver plano de fundo transparente, o PNG exportado se tornará transparente. Se era branco, o PNG fica branco.
Por favor, verifique o arquivo > Propriedades do documento > Página > Antecedentes e verifique o canal de aplpha (A). Na guia RGB, defina todos os valores como 255, incluindo A.
Verificado usando o Inkscape 0.47 no Ubuntu Linux 10.04.
Se o seu problema ocorrer apenas na conversão de arquivos SVG criados no futuro (não no Inkscape), será necessário postar esse arquivo para que possamos testá-lo.