Neste momento, você não pode. limits.conf(5) é a configuração para pam_limits(8) , que é ativada pela pilha PAM de acordo com a configuração em /etc/pam.d . No entanto, start-stop-daemon(8) , conforme iniciado a partir de um script init.d, não passa pela pilha do PAM, portanto, esses tipos de configurações nunca são aplicados.
O bug da Debian # 302079 contém um patch para habilitar os limites de configuração de start-stop-daemon(8) , mas o bug está aberto desde 2005 e o patch ainda não foi mesclado.
Embora não seja ideal, o AFAIK, a maneira recomendada de fazer isso agora, é adicionar uma chamada ulimit em seu script init.d.