O parâmetro usado após make depende apenas do (s) desenvolvedor (es) que escreveu o Makefile . A documentação que você faz referência posteriormente, o Autotools, é apenas uma das muitas maneiras de criar um Makefile .
O padrão típico é make clean remover todos os arquivos intermediários e make distclean torna a árvore exatamente como era quando foi desfazida (ou algo muito próximo), incluindo a remoção de qualquer saída do script de configuração. É assim que o kernel do Linux funciona, por exemplo.
Em outras palavras, é totalmente dependente dos desenvolvedores de cada uma dessas bibliotecas, e é por isso que às vezes seu clean e outras vezes é distclean . By the way, você não precisa executar clean / distclean - Eu acho que eles têm que executá-lo apenas para economizar espaço em disco. make install geralmente copia os arquivos para o diretório de destino (novamente dependente dos desenvolvedores) - normalmente, lugares como /usr/lib ou /usr/bin (também determinado pelo script de configuração, se for um sistema de criação Autotools)
Essas nuances são a principal razão pela qual as pessoas usam sistemas de gerenciamento de pacotes como pacotes RPM ou Debian.