É uma consequência das decisões de engenharia.
Em um sistema Linux, é possível excluir um arquivo que ainda está em uso; o sistema de arquivos usa o que é essencialmente uma forma de contagem de referência, e ter o arquivo aberto é simplesmente outra referência a ele. Quando você fechá-lo, o arquivo será limpo. Como conseqüência disso, é possível substituir o código OS principal e os arquivos de dados sem precisar desligá-los e reiniciá-los (também conhecido como reinicialização).
No Windows, abrir um arquivo o bloqueia no sistema de arquivos e não pode ser excluído. Isso significa que o código atualmente em execução não pode ser atualizado sem uma reinicialização. Mas isso também significa que você sempre pode saber exatamente qual versão está sendo executada em seu sistema; No modelo Linux, é possível receber uma atualização importante do software do sistema, aplicá-la com êxito e ainda não tê-la operacional no sistema, porque a versão antiga e não atualizada ainda está em execução.
É uma troca de engenharia, como a maioria das coisas na computação.