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O PulseAudio é um servidor de som (também faz mixagem, processamento, etc.)
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Não faz interface diretamente com o hardware (placa de som). Na verdade, geralmente usa o ALSA para falar com a placa de som.
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Portanto, é normal que os componentes do PulseAudio e do ALSA sejam instalados ao mesmo tempo, e esse é o padrão no Ubuntu. Com a instalação padrão, não, eles não entram em conflito.
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Em geral, o PulseAudio é preferível a usar o ALSA para fornecer o "servidor de som" (suporte de som no nível de software); no entanto, usuários de áudio profissionais geralmente preferem usar o JACK em vez do PulseAudio para baixas latências.
Informações relacionadas: A página Wikipedia PulseAudio pode ser útil.