Dê uma olhada em .
De acordo com o artigo, o Ubuntu criará essas pastas quando um arquivo for excluído de uma unidade USB. Presumivelmente, isso permitiria que um arquivo fosse restaurado se você o excluísse acidentalmente.
Em qualquer caso, o artigo oferece as seguintes recomendações para impedir que uma pasta da Lixeira seja criada:
Don't use the delete button only (Otherwise the .Trash-1000 folder will be created)
Press the key combination shift+delete together to delete then Ubuntu won't create a .Trash-1000 folder. (Note: If you delete files and folders this way they are gone forever!)