Se você deseja compatibilidade com o recurso Zip Folders incorporado no Windows XP, você está preso com a compactação Deflate. Eu não acho que você pode usar o Deflate64, muito menos os métodos avançados de compressão (como LZMA, PPMD, WavPack, Bzip2, etc.) disponíveis nas versões recentes do winZip e do PowerArchiver. O PowerArchiver pelo menos usa como padrão a extensão .zipx para esses arquivos - não acho que o WinZip esteja fazendo isso ainda.
O menor arquivo zip possível que o 7-Zip pode criar pode ser feito com a seguinte linha de comando:
7za a -mm=Deflate -mfb=258 -mpass=15 -r C:\Path\To\Archive.zip C:\Path\To\Files\*
Uma observação em particular: o analisador curinga do 7-Zip não é o mesmo que a maioria dos outros no sistema. *.*
significa todos os arquivos que possuem extensões. *
significa todos os arquivos .
Criar arquivos .zip dessa forma (e, presumivelmente, usar outras ferramentas que tentam fazer arquivos .zip menores "padrão") é muito, muito lento. É muito provável que você economize tempo e espaço consideráveis usando o 7-Zip ou o WinRar para criar arquivos de extração automática.