Existe o risco de as informações não serem recuperáveis. Documentos PDF são essencialmente um documento sobreposto a outro, um texto simples, o outro uma imagem. Quando você copia e cola do documento, marca o texto enquanto observa a figura, mas o que é copiado para a área de transferência é a parte correspondente da parte do texto.
Dependendo da maneira como o documento é criado, a qualidade e a disponibilidade da parte do texto podem ser muito diferentes. Se você salvar um documento de processador de texto no formato PDF, usando o Acrobat, Word, um driver de impressora PDF ou qualquer outro método, a qualidade normalmente será excelente, já que o arquivo de texto pode ser criado a partir do texto original. Alguns caracteres especiais podem ficar distorcidos, mas o texto sem formatação geralmente é bom.
Se o documento for criado a partir de uma imagem digitalizada, no entanto, a parte de texto é normalmente criada pelo processamento de OCR da imagem, o que pode produzir resultados bastante lamentáveis, especialmente se o original for inferior ao ideal.
Um programa incorreto usado para criar o PDF, ou as configurações incorretas, também podem fazer com que a parte do texto fique completamente distorcida, assim como, possivelmente, alguns tipos de criptografia podem ser executados no arquivo depois de criado.
O resultado é que, se a parte do texto do documento é realmente ruim, não há como melhorá-lo. Sua melhor aposta seria remover completamente a parte do texto e fazer com que o programa refaça o processo de OCR. Acho que isso pode ser feito a partir do Acrobat, mas não tenho certeza.