O método XDG: Crie um emacsclient.desktop arquivo que lida com o tipo x-scheme-handler/org-protocol MIME:
[Desktop Entry]
Name=Emacs Client
Exec=emacsclient %u
Icon=emacs-icon
Type=Application
Terminal=false
MimeType=x-scheme-handler/org-protocol;
(Observe a linha MimeType= acima, que é para org-protocol: URIs.)
Coloque o arquivo em ~/.local/share/applications ou /usr/local/share/applications .
Você pode ter que abrir o arquivo ~/.local/share/applications/mimeapps.list e adicionar uma linha como esta:
x-scheme-handler/org-protocol=emacsclient.desktop
Adicione isso na seção [Default Applications] .