Aparentemente, funciona assim (no Windows 7, eu não sei sobre o XP e outros sistemas operacionais):
Quando um usuário instala algum aplicativo, o Windows faz o seguinte:
1) Cria uma chave de registro
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\[ProductId GUID]
para este aplicativo.
Se você tiver acesso ao arquivo original msi do instalador do seu aplicativo, você pode encontrar [ProductID GUID] abrindo o arquivo msi em orca.exe e clicando em "Property" à esquerda em orca, e procurando por Linha "ProductCode" à direita. Se você não tiver acesso ao arquivo * .msi original, basta pesquisar a chave do Registro HKLM \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Uninstall para obter o nome do aplicativo.
Se você quiser excluir seu aplicativo (que se recusa a desinstalar, por exemplo) da lista de aplicativos instalados no Painel de Controle, você pode excluir a entrada dessa chave de desinstalação. Ele certamente desaparecerá da lista no painel de controle, mas o Windows ainda se lembrará disso. Por exemplo, se você tentar instalar uma próxima versão do mesmo aplicativo, o instalador ainda poderá insistir na desinstalação da versão anterior. Veja o item 2 para isso.
2) O Windows copia o arquivo * .msi original para a pasta C: \ Windows \ Installer e renomeia para um nome aleatório (mantém a extensão .msi). O Windows também cria uma chave no registro em HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Installer\UserData\[InternalUserId]\Products\[some random guid-like sequence of chars identifying to windows your installation]\InstallProperties.
ValueName "LocalPackage" nessa chave reg apontará para o arquivo msi renomeado. Para encontrar o arquivo em C: \ windows \ Installer você pode navegar para esta pasta no Windows Explorer, alterá-lo para a visualização Details, tornar a coluna "Subject" visível e você verá todos os nnnnnnnn.msi correspondentes ao nome do produto.