Já tentou desativar o "Itunes Helper" (ituneshelper.exe)?
É um programa lançado na inicialização. Para desativá-lo, use msconfig ou qualquer programa que ajude a gerenciar programas de inicialização ( Startup Control Panel , por exemplo).
Você também pode usar o iTunesBooster (embora não seja gratuito). De seu FAQ:
Why would I want to disable / delete iTunesHelper?
iTunesHelper is a service used by iTunes to determine when an iPod is plugged in, so it can automatically launch iTunes. The iTunesHelper service unfortunately eats up a non-trivial amount of your computers available processing power - all of the time, not just when iTunes is running. iTunesBooster disables and deletes iTunesHelper, thus removing the significant performance impact that installing iTunes may have placed upon your computer.