O NTFS tem essa coisa chamada Tabela de arquivos mestre . Parece muito legal quando você lê sobre isso.
Você pode ver que o ext3 executa bem até cerca de 95% de uso do disco, enquanto a existência da MFT significa que o NTFS realmente não quer que você use mais de 90% do seu disco. Mas vou assumir que não é problema seu, e que o seu problema é com as muitas operações em muitos arquivos pequenos.
Uma das diferenças aqui é o que acontece quando você cria um arquivo pequeno. Se um arquivo é menor que um tamanho de bloco, ele não é gravado em seu próprio bloco, mas é armazenado na MFT. Isso é bom se o arquivo permanecer exatamente como foi quando criado. Na prática, porém, isso significa que quando o svn toca em um arquivo para criá-lo, então adiciona ao arquivo, remove dele ou apenas o modifica por não o suficiente para movê-lo para seu próprio bloco, a operação é bem lenta. Também apenas ler muitos arquivos pequenos coloca um pouco de ênfase na MFT, onde todos residem, com múltiplos por bloco. Por que faria isso? Prevenentemente evita a fragmentação e usa mais blocos de maneira mais eficaz e, em geral, isso é bom.
No ext2 e no 3, os blocos de arquivos de cada arquivo são armazenados ao lado de onde estão os metadados do diretório (quando possível, se o disco não tiver desfragmentado e você tiver 20% de espaço livre). Isto significa que como o svn está abrindo diretórios, um número de blocos é armazenado em cache basicamente no cache de 16MB da sua unidade, e novamente no cache do kernel. Esses arquivos podem incluir o arquivo .svn e os arquivos de revisão da sua última atualização. Isso é útil, já que esses são provavelmente alguns dos arquivos que o svn está procurando. O NTFS não consegue fazer isso, embora partes grandes da MFT devam ser armazenadas em cache no sistema, elas podem não ser as partes que você desejará a seguir.