Sim, tanto o GnuPG quanto o PGP.com comercial são implementações do mesmo padrão OpenPGP ; na verdade, o GnuPG foi projetado especificamente para ser compatível com PGP.
As únicas diferenças que você pode encontrar são:
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Diferentes algoritmos suportados. Por exemplo, o GnuPG suporta o algoritmo de criptografia Camellia, enquanto o PGP.com não.
Isso quase nunca é um problema, já que todo certificado PGP ("chave PGP") lista todos os algoritmos que o software do proprietário suporta (ou mais precisamente aqueles que o proprietário prefere usar), assim o remetente de uma mensagem pode sempre escolha um suportado.
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Várias peculiaridades e diferenças em versões muito antigas do PGP (especialmente as versões originais anteriores ao OpenPGP eram padronizadas). No entanto, tanto o GnuPG quanto o PGP.com podem ler facilmente (se não sempre escrever) mensagens nos formatos antigos.
tl; dr: Sim, eles são compatíveis.