Dentro do Atom, vá para o menu Atom
e escolha Install Shell Commands
. Isso garante que você possa chamar o Atom da iTerm.
Na mesma tela de preferências do iTerm, altere a primeira lista de seleção para Run command...
e cole o seguinte no campo de texto que aparece: /usr/local/bin/atom -n :
. Isso informa à ferramenta de linha de comando do atom para abrir o arquivo clicado (\ 1) no número de linha especificado (\ 2).