Eu adaptei um script AutoHotKey de aqui que fará o que você perguntar (em Windows - não sei se existe uma AutoHotKey para Linux).
Quando o script é executado, ele encontra uma janela com "VLC media player" no título e torna 60% transparente e "desmarcável". Para sair do script e reativar o VLC, clique com o botão direito do mouse no verde H na barra de tarefas e escolha Sair.
Se você confia em mim, uma versão compilada (descompilável) deste que define uma instância VLC em execução para 60% de transparência e unclickable está aqui: link
Se você não confia em mim, quer adaptá-lo para uso com o Media Player Classic (é apenas melhor =), ou apenas quer aprender, instale AutoHotKey e execute este script: link
Se meus links estiverem quebrados, o código AHK segue:
/*
WinSet_Click_Through - Makes a window unclickable. Written by Wicked & SKAN.
I - ID of the window to set as unclickable.
T - The transparency to set the window. Leaving it blank will set it to 254. It can also be set On or Off. Any numbers lower then 0 or greater then 254 will simply be changed to 254.
If the window ID doesn't exist, it returns 0.
*/
WinSet_Click_Through(I, T="254") {
IfWinExist, % "ahk_id " I
{
If (T == "Off")
{
WinSet, AlwaysOnTop, Off, % "ahk_id " I
WinSet, Transparent, Off, % "ahk_id " I
WinSet, ExStyle, -0x20, % "ahk_id " I
}
Else
{
WinSet, AlwaysOnTop, On, % "ahk_id " I
If(T < 0 || T > 254 || T == "On")
T := 254
WinSet, Transparent, % T, % "ahk_id " I
WinSet, ExStyle, +0x20, % "ahk_id " I
}
}
Else
Return 0
}
#SingleInstance force
#Persistent
;app code starts here
;get window ID for a VLC instance
ID := WinExist("VLC media player")
;set it to 60% transparent and unclickable
WinSet_Click_Through(ID, 0.6 * 255)
;wait until the user quits, then show window again
OnExit, AppEnd
Return
AppEnd:
;set it back to clickable
WinSet_Click_Through(ID, "Off")
ExitApp